Noch vor Abschluss seiner Rede wurde er von Polizisten in Zivil festgenommen. Ebenso wurden weitere Teilnehmer der Demonstration verhaftet. Dr. Maier wurde noch am gleichen Abend von einem Standgericht wegen Wehrkraftzersetzung zum Tode durch den Strang verurteilt.

Am Morgen des 24. April 1945 um 3.25 Uhr wurde er zusammen mit dem Regensburger Bürger Josef Zirkl auf dem Moltkeplatz gehenkt. Um den Hals trug er ein Pappschild mit der Aufschrift "Ich bin ein Saboteur". Der am Vortag während der Demonstration getötete Michael Lottner wurde zu den beiden Gehenkten gelegt.
Einige Tage später wurde die Stadt kampflos den Amerikanern übergeben.

Heute erinnert eine Gedenksäule nördlich des Dachauplatz-Brunnens an die drei Hingerichteten.

Einen Stolperstein für Michael Lottner findet man an seinem Wohnort vor der Glockengasse 8.
Eine Gedenktafel für Michael Lottner am IHK-Gebäude in der Martin-Luther-Straße "verschwand" auf skandalöse Weise während der Renovierungsarbeiten der letzten Jahre.

Auf Dr. Johann Maier gibt es in der Stadt noch folgende Hinweise:
Im Polizeirevier am Minoritenweg, wo er verhört wurde, findet man eine Gedenktafel, ebenso an seinem Wohnhaus Außerdem befindet sich am Südausgang des Doms ein Grabstein.

Manche erinnern sich noch an einen Zeitungskiosk auf der Ostseite des Platzes: Dieser Kiosk war ab 1942 Treffpunkt von so manchen kritisch gesinnten Regensburgern.
Den Begriff der "Neupfarrplatzgruppe" prägte die Geheime Staatspolizei. (GESTAPO). Sie verhaftete 1943 eine Gruppe von 49 Personen. Zwei von ihnen, Josef Bollwein und Johann Kellner, wurden in München mit der Guillotine hingerichtet, alle anderen kamen ins KZ Flossenbürg. Zwei wurden sofort erschossen und viele andere starben während der Verhöre.

Der jüdische Künstler und Architekt Dani Karavan schuf auf Einladung der Jüdischen Gemeinde 2003 auf der Westseite des Neupfarrplatzes aus weißem Beton das Neupfarrplatz-Kunstwerk: Es ist bei den Regensburgern als Treffpunkt beliebt und erinnert in seiner Gestaltung an die ehemals hier befindliche jüdische Synagoge.

Folgender Mitglieder der Neupfarrplatzgruppe wird mit "Stolpersteinen" in Regensburg gedacht:

• Josef Haas, geb 7.2.1899 in Regensburg, Alte Waldmünchner Straße 9
• Franz Herzog, geb. 5.3.1983 in Heideck bei Hilpoltstein, Krebsgasse 4
• Johann Kellner, geb. 5.12.1882 in Scharmassing,
  Taubengässchen 2
• Max Massinger, geb. 18.12.1884 in Regensburg, Zuckerfabrikarbeiter, Straußgäßchen 1
• Johann Schindler, geb. 12.2.1884 in Dietersweg, Sparkassensekretär, Am Spielhof 1
• Daneben erinnern weitere Stolpersteine an BürgerInnen jüdischen Glaubens, die hier bis zur Deportation und Ermordung wohnten:
  Alma Herrscher, geb. Abraham, geb. 26.3.1900 in Hohensalza, Kaufmannsfrau, Neupfarrplatz 12
• Erich Herrscher, geb. 21.7.1903 in Offenbach/Main, Schuhkaufmann,
  Neupfarrplatz 12
• Ida Lilienfeld, geb. Grünhut, geb. 22.1.1881 in Regensburg, Neupfarrplatz 12
• Paul Lilienfeld, geb. 27.4.1904 in Regensburg, Schuhwarenhändler, Neupfarrplatz 12
• Josef Lilienfeld, Jahrgang 1869, Schuhkaufmann und Vorstand der jüdischen Gemeinde,
  Neupfarrplatz 12

Etwa 400 Häftlinge, meist Juden oder Zwangsarbeiter, waren im ehemaligen Tanzssaal untergebracht. Es gab nur eine Toilette und einen Wasserhahn. Verpflegung bestand aus Brot und Suppe. Die Häftlinge wurden über die Steinerne Brücke zum Bahnhof oder zu den Messerschmidt-Werken getrieben, um dort Bombenschäden auszubessern, abends wieder zurück.

Am 23. April 1945 wurde das Lager bis auf 28 Schwerstkranke "evakuiert", d. h. die Gefangenen wurden auf einen Todesmarsch in Richtung Landshut getrieben. Schätzungen zufolge überlebten nur 50 der Häftlinge diesen Marsch, der in Laufen (Salzach) endete, wo eine kleine Gedenktafel auf die Geschehnisse hinweist.
Die Anzahl der Todesopfer ist nicht genau nachvollziehbar. Eine Gräberliste der Stadt enthält die Namen von 44 Toten. Ein Überlebender des Colosseums schätzte die Zahl der Toten in den fünf Wochen des Bestehens des KZ-Außenlagers auf 70. Es wird sogar vermutet, dass Leichen sogar einfach in die Donau geworfen wurden.

Eine von der Stadtverwaltung 2011 eingelassene Bodenplatte vor dem Colosseum (heute Ristorante) wurde in einer öffentlichen Debatte als verharmlosend und irreführend kritisiert. Der Kulturausschuss des Regensburger Stadtrates beschloss daraufhin im November 2011, dass ein neuer Textvorschlag eingebracht werden soll.